Luând în considerare evoluția cadrului legislativ în domeniul organizării și funcționării muzeelor, instituția și-a structurat activitatea pe următoarele coordonate:

1. Constituirea științifica, administrarea, conservarea și restaurarea patrimoniului muzeal. O preocupare constantă a Muzeului de Istorie și Arheologie a fost aceea de constituire a unui bogat și valoros patrimoniu arheologic. Acest obiectiv a condus la inițierea unui program de cercetări, care s-a dezvoltat într-o maniera remarcabila pe întreg teritoriul nord-dobrogean, ce constituie, de altfel, una din cele mai importante zone arheologice din România.
2. Cercetarea științifica, evidenta, documentarea, protejarea și dezvoltarea patrimoniului muzeal. Cercetarea științifica este, fără îndoiala, domeniul în care s-a investit cel mai mult. Este considerată, de altfel, ca fiind baza întregii activități a colectivului secției de istorie și arheologie. Programul de cercetări, însoțit de o politica de achiziții și donații, a avut drept rezultat constituirea unui patrimoniu estimat la peste 90 000 de piese;
3. Punerea în valoare a patrimoniului muzeal în scopul cunoașterii, educării și recreării. Specialiștii Muzeului de Istorie participă la editarea revistei Peuce și a numeroase studii și volume de specialitate, adresate lumii științifice. Instituția beneficiază de spații expoziționale generoase (două pavilioane în sediul central al muzeului, Muzeul Farului din Sulina, Complexul muzeal de la Niculițel), care pot oferi suport pentru proiecte pe termen lung sau temporare.